Les fouilles étant limitées à l' ouest par le chemin Saint Jean, seules les fondations du choeur de l' ensemble gothique ont pu faire l'objet de recherches approfondies.
En réalité, les structures dégagées lors des fouilles ne sont que la fondation de l'alignement des piliers entre sanctuaire et déambulatoire. A la base, un massif de blocage ménage en quelque sorte une assiette monolithique d' environ 4 mètres de large. Ces fondations atteignent par endroit 5 mètres environ de profondeur.
Sur le plan, figurent cinq chapelles rayonnantes et chapelles droites qui ne sont que les restitutions du début du siècle. D' après H. Bernard, deux chapelles ont été reconnues et il est possible que le croissant de maçonnerie fut évidé pour y ménager des chapelles. Ce croissant a pu supporter aussi les culées d' arcs boutants.
Une brèche pratiquée à l' époque de la destruction de Thérouanne (1553) coupe littéralement le rond point en deux (à proximité du transept). Seule la poursuite des fouilles à l'Ouest pourrait nous éclairer.
Le sanctuaire devait mesurer tout au plus 12 mètres sur 25 mètres. il comprenait deux autels et un jubé avec chapelles sous tribunes daté du XIVème siècle. Les travaux débutèrent au choeur au XIIème siècle.
Son élévation ne nous est connue que par l'iconographie. Le choeur, selon toute hypothèse, devait être assez hétéroclite alliant le style gothique pour ses fenêtres hautes et un style beaucoup plus archaïque pour les chapelles. Le tout devait être allégé par l'envolée des arcs boutants.
Des carreaux de pavement en pierre de Marquise, découverts au début du siècle nous donnent une idée de la beauté du dallage : datés du XIIIème siècle, ils illustrent les travaux des mois, les signes du zodiaque, et l' histoire de la Genèse...
Le portail sud abritait un groupe sculpté de style gothique dont l' élément de façade fut donné à l'époque de la destruction à Saint Omer : le non moins célèbre «Grand Dieu de Thérouanne». Ce christ assis mesure 2m20 environ et présente un raccourcissement intentionnel des cuisses (destiné à être vu de haut largement au dessus du tympan). Ce groupe qui selon les sources avait été relevé en 1553 n'a pu être intégré au portail de la cathédrale de Saint Omer. Le grand Dieu et ses deux suppliants fut emporté quand même par les religieux de Saint Omer. Ce n' est qu'' en 1966 qu'' il fut installé dans le collatéral du transept nord de la cathédrale de Saint Omer.
La tour est certainement postérieure au choeur, certains l' attribuent au XIVème siècle. Elle s' augmentait à l'est d' une abside.
Le transept de la cathédrale n' a pu être fouillé entièrement car une partie de ses fondations réside encore sous le chemin. La façade ouest de la cathédrale présente ceci de particulier qu'' elle s' ouvre sur le palais épiscopal.
La nef construite plus tard nous est pratiquement inconnue. Seule une fouille archéologique programmée sur la parcelle avoisinante pourrait nous donner des informations plus précises. En effet, d'un point de vue iconographique trop de différences (taille, élévation) entre les sources sèment le trouble et ne nous donnent pas une image réelle de l' aspect général de cette nef.
Grande cité épiscopale, puis régale des Rois de France, la ville dans son ensemble nous est mieux connue par l' iconographie, la cartographie et les textes.
La plupart des documents sont datés du XVIème siècle et seule l' archéologie pourrait nous renseigner sur l' urbanisme des époques féodales.
Il est toujours étonnant de comparer la photographie aérienne du village actuel et les anciens plans ; en effet, elle reflète à elle seule le destin et l'histoire de la cité.
La vue actuelle nous montre d' abord que l' ancienne ville est restée vierge de tout reconstruction et que le village actuel s' est littéralement déplacé vers le sud, le long de l' ancienne voie romaine. Le rideau d' arbres qui ceinture le périmètre matérialise les anciens remparts de la ville disparue.
Cette enceinte urbaine qui, à vol d' oiseau prend des allures de «cerf volant» est divisée en deux par son artère principale, la rue Saint Jean, devenue de nos jours un chemin rural. Il mène aujourd'hui au site archéologique. Le promontoire que ce dernier forme n'est autre que le chantier de fouilles du choeur de la cathédrale.
La gravure d'Anthonizoon reprend pour ses grandes lignes un tableau d' Holbein situé à Hampton Court .Bien que le siège se tint au sud, la vue représente au premier plan l' abbaye Saint Jean au Mont située au nord de la ville. Il existait d'autre part deux abbayes à l'extérieur de la vieille ville, celle de Saint Jean au Mont et celle de Saint Augustin au sud est de la ville.
La vue cavalière (datée de 1539) est plus fantaisiste quant au réseau urbain et l'emplacement de certains édifices mais elle offre au regard un dessin fort précis du porche méridional de la cathédrale et du palais épiscopal.
La cathédrale Gothique